アメブロ記事内でアフィリをするとアメトピに載りにくくなるなどの副作用があるのでしょうか？

このような副作用はありませんので、安心してください^^

ASPを使わず、アメーバピック（Ameba pick）を使っている場合でも、リンクを設置したから載りにくくなる～ということはありません。